京都不死鸟成立于1922年，俱乐部的前身是京都紫光俱乐部，是日本现存的球队中历史最悠久的。1993年，紫光俱乐部一分为三，分别为紫光俱乐部、京都不死鸟及教育研究社。球队在2007赛季以乙级联赛第三名的身份升入甲级联赛，在接下来的两个赛季球队也只是勉强保级成功。