美因茨于1988年曾升级到职业的德乙一个球季，降级后于1990年再次返回德乙，最初美因茨被视为降级热门，每季需为护级而苦苦挣扎。在非正统的主教练沃尔夫冈·弗兰克任教期间，美因茨成为少数采用平排四人防线的德国球队，有别于一般采用人钉人加清道夫的防守战术。 　　1997年、2002年及2003年获得3个升级名额之后的第四位而未能到顶级联赛中角逐，2002年获得64分而成为历来德乙得分最高而未能升